PyHDX v0.4.0b6+46.g5237208.dirty 
2022/01/12 13:56:19 (1641992179) 

Metadata
--------
r1: 1
r2: 1
r2_reference: false
epochs: 1000
patience: 50
stop_loss: 5.0e-06
optimizer: SGD
lr: 10000.0
momentum: 0.5
nesterov: true
model_name: DeltaGFit
total_loss: 3.3259213005602906
mse_loss: 3.287579492238546
reg_loss: 0.03834180832174461
regularization_percentage: 1.1528176663496361
epochs_run: 1000

state    SecB WT apo                                                                 SecB his dimer apo                                                                 
quantity    sequence           _dG            dG        pfact     k_obs   covariance           sequence           _dG            dG        pfact     k_obs    covariance
r_number                                                                                                                                                                
10                 T  19775.160803  19775.160803  2554.566970  0.064411  1395.024564                  T  19775.160951  19775.160951  2554.567120  0.064411   1670.825562
11                 F  19331.435038  19331.435038  2142.210098  0.063883  1392.258570                  F  19331.442554  19331.442554  2142.216486  0.063883   1667.543582
12                 Q  20650.747135  20650.747135  3615.624705   0.05472   768.732249                  Q  20650.739497  20650.739497  3615.613747  0.054720   1033.838948
13                 I  16903.682229  16903.682229   817.623273  0.054121   766.751695                  I  16903.667282  16903.667282   817.618425  0.054121   1033.242006
14                 Q  18980.896185  18980.896185  1864.074244  0.054419   767.552214                  Q  18980.895621  18980.895621  1864.073827  0.054419   1033.326894
15                 R  21579.563533  21579.563533  5226.621995   0.05472   768.658251                  R  21579.554734  21579.554734  5226.603749  0.054720   1033.760451
16                 I  17019.899968  17019.899968   856.205270  0.054121   766.703510                  I  17019.884264  17019.884264   856.199936  0.054121   1033.191337
17                 Y  17064.099505  17064.099505   871.351945   0.05442   768.083207                  Y  17064.079894  17064.079894   871.345165  0.054420   1033.889949
18                 T  19414.645221           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  19414.645221           NaN          NaN       NaN           NaN
19                 K  21911.386774  21911.386774  5962.044236   0.03639   901.996658                  K  21911.386785  21911.386785  5962.044264  0.036390    763.687166
20                 D  22246.400106  22246.400106  6809.558549  0.036593   898.529454                  D  22246.404543  22246.404543  6809.570537  0.036593    761.996213
21                 I  15711.736594  15711.736594   509.539165  0.036195   905.905834                  I  15711.731521  15711.731521   509.538140  0.036195    766.134509
22                 S  21417.554669  21417.554669  4901.245955  0.042272   593.472276                  S  21417.559294  21417.559294  4901.254948  0.042272    474.679645
23                 F  20967.483271  20967.483271  4099.754920  0.042033   594.574272                  F  20967.491986  20967.491986  4099.769095  0.042032    475.291679
24                 E  20329.769995  20329.769995  3183.303577  0.042033   594.597295                  E  20329.778109  20329.778109  3183.313825  0.042033    475.315739
25                 A  19189.082541  19189.082541  2024.577081  0.052506   544.522312                  A  19143.905241  19143.905241  1988.612371  0.053455    436.489231
26                 P  20236.414306           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20236.414306           NaN          NaN       NaN           NaN
27                 N  21495.268804  21495.268804  5054.717245  0.052804   544.508613                  N  21449.812371  21449.812371  4964.375138  0.053765    436.658825
28                 A  21887.275268  21887.275268  5905.282957  0.053105   544.633076                  A  21841.556775  21841.556775  5799.135863  0.054077    436.961024
29                 P  20145.970132           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20145.970132           NaN          NaN       NaN           NaN
30                 H  18587.505490  18587.505490  1594.706828  0.052806   544.693271                  H  18542.075722  18542.075722  1566.221471  0.053766    436.839905
31                 V  17109.551229  17109.551229   887.207221  0.052509   544.793732                  V  17064.412976  17064.412976   871.460319  0.053457    436.755672
32                 F  17837.147852  17837.147852  1184.110048  0.052807   544.786805                  F  17791.731582  17791.731582  1162.965181  0.053766    436.931631
33                 Q  20325.175235  20325.175235  3177.505909  0.062263   750.801914                  Q  20269.515165  20269.515165  3108.107105  0.063652    553.153574
34                 K  20354.150277  20354.150277  3214.244062   0.00107  1264.060281                  K  20208.825196  20208.825196  3034.163079  0.071494    718.729418
35               NaN  20305.058145           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  20208.820346  20208.820346  3034.157241  0.082110   1064.418457
36               NaN  20305.055767           NaN          NaN       NaN          NaN                  W  20327.082607  20327.082607  3179.911348  0.012137    620.649914
37               NaN  20302.144578           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20247.511701  20247.511701  3081.092351  0.043411    582.923327
38               NaN  20302.147517           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20298.113286           NaN          NaN       NaN           NaN
39               NaN  20302.144469           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20276.367863  20276.367863  3116.568779  0.021517    314.980194
40               NaN  20302.147504           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20381.338135  20381.338135  3249.102383  0.006529    620.892005
41               NaN  20302.147945           NaN          NaN       NaN          NaN                  K  20233.106732  20233.106732  3063.533954  0.032366    387.849320
42               NaN  20302.133066           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20257.249609  20257.249609  3093.018983  0.016824    803.169382
43               NaN  20302.148233           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  20300.688766  20300.688766  3146.786495  0.037032    725.441193
44               NaN  20308.452089           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20479.300266  20479.300266  3377.867070  0.007725    672.072885
45               NaN  20308.453698           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  20354.672759  20354.672759  3214.910414  0.036247    703.290205
46               NaN  20308.453698           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20400.233801  20400.233801  3273.551476  0.025794    780.029374
47               NaN  20308.452089           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20313.118747  20313.118747  3162.343188  0.075215    725.883260
48               NaN  20302.799688           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  20290.414156  20290.414156  3133.985138  0.112257   1123.288140
49               NaN  20302.802644           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  20290.400671  20290.400671  3133.968371  0.223984   1310.097505
50               NaN  20302.799688           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20290.417996  20290.417996  3133.989912  0.109702   1081.074383
51               NaN  20309.927466           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20466.079914  20466.079914  3360.196305  0.018619    996.822276
52               NaN  20309.927683           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20356.313474  20356.313474  3217.003810  0.028765   1019.413825
53               NaN  20309.928226           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  20311.127533  20311.127533  3159.845929  0.059810    906.726808
54               NaN  20309.936263           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  20333.814970  20333.814970  3188.416281  0.039183    888.172536
55               NaN  20309.928226           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20404.401891  20404.401891  3278.969284  0.006037    969.334537
56               NaN  20309.927683           NaN          NaN       NaN          NaN                  Y  20358.824541  20358.824541  3220.210335  0.018131   1583.571045
57               NaN  20309.927466           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20313.735858  20313.735858  3163.117531  0.041338   1522.313377
58               NaN  20308.482689           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20308.502947           NaN          NaN       NaN           NaN
59               NaN  20308.497606           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20308.482513           NaN          NaN       NaN           NaN
60               NaN  20308.497606           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20308.482513           NaN          NaN       NaN           NaN
61               NaN  20308.482689           NaN          NaN       NaN          NaN                  R  20308.502947           NaN          NaN       NaN           NaN
62               NaN  20311.292562           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20472.708135  20472.708135  3369.044222  0.014751   1201.552301
63               NaN  20311.292569           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20495.240997  20495.240997  3399.297608  0.027223    740.121614
64               NaN  20311.292586           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20508.672096  20508.672096  3417.459731  0.013887   1070.458736
65               NaN  20311.292621           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20511.231670  20511.231670  3420.931891  0.027051    972.991604
66               NaN  20311.292693           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20397.808987  20397.808987  3270.403750  0.072730    713.086284
67               NaN  20311.292836           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  20340.066362  20340.066362  3196.333975  0.110068    892.991376
68               NaN  20311.293124           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20537.582425  20537.582425  3456.883461  0.022784   1042.648215
69               NaN  20311.293698           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20461.356824  20461.356824  3353.905701  0.025750    694.765612
70               NaN  20311.294848           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20391.694287  20391.694287  3262.479501  0.052835    630.942963
71               NaN  20311.304043           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20454.157294  20454.157294  3344.339420  0.024687    693.238930
72               NaN  20311.294848           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20454.153311  20454.153311  3344.334136  0.027059    692.193462
73               NaN  20311.310940           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20345.718249  20345.718249  3203.509288  0.074249    716.304568
74               NaN  20311.294848           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20447.393379  20447.393379  3335.376818  0.025893    694.693292
75               NaN  20311.304043           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20419.408231  20419.408231  3298.549336  0.013740   1253.612741
76               NaN  20311.294848           NaN          NaN       NaN          NaN                  C  20346.551222  20346.551222  3204.568144  0.120377   1372.182027
77               NaN  20311.293698           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20354.931005  20354.931005  3215.239821  0.128604   1035.909905
78               NaN  20311.293124           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20488.649758  20488.649758  3390.419983  0.006257    926.442210
79               NaN  20311.292836           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20498.865807  20498.865807  3404.189705  0.036670    436.149743
80               NaN  20311.292693           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20429.796047  20429.796047  3312.171645  0.082453    703.131275
81               NaN  20311.292621           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20442.391863  20442.391863  3328.764953  0.066686    646.597708
82               NaN  20311.292586           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20451.673783  20451.673783  3341.045821  0.062006    631.428952
83               NaN  20311.292569           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20526.275188  20526.275188  3441.410420  0.012011  11413.904805
84               NaN  20311.292562           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20526.284728  20526.284728  3441.423446  0.014777   8101.360141
85               NaN  20305.053508           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  20305.053508           NaN          NaN       NaN           NaN
86               NaN  20299.931600           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20278.206050  20278.206050  3118.842479  0.017878   2309.884414
87               NaN  20299.931546           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20276.121975  20276.121975  3116.264761  0.028358   3047.411310
88               NaN  20299.941756           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20276.123832  20276.123832  3116.267056  0.044944   5463.934031
89               NaN  20299.925955           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20276.121578  20276.121578  3116.264269  0.013264   2183.621495
90               NaN  20299.934864           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20276.118687  20276.118687  3116.260695  0.022021   2515.945229
91               NaN  20299.931559           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20276.111781  20276.111781  3116.252158  0.031841   3536.671709
92               NaN  20299.931627           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20276.101949  20276.101949  3116.240001  0.060629   3093.321118
93               NaN  20299.931654           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20276.121443  20276.121443  3116.264103  0.087635   2213.314396
94               NaN  20305.030763           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20305.021080           NaN          NaN       NaN           NaN
95               NaN  20305.037613           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20305.028024           NaN          NaN       NaN           NaN
96               NaN  20305.045926           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20305.047296           NaN          NaN       NaN           NaN
97               NaN  20305.061089           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20305.059719           NaN          NaN       NaN           NaN
98               NaN  20305.069403           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20305.078992           NaN          NaN       NaN           NaN
99               NaN  20305.076252           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20305.085936           NaN          NaN       NaN           NaN
100              NaN  20311.347722           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20416.741296  20416.741296  3295.061036  0.067368    871.725973
101              NaN  20311.354725           NaN          NaN       NaN          NaN                  Y  20460.526992  20460.526992  3352.801680  0.024039   4444.630357
102              NaN  20311.375254           NaN          NaN       NaN          NaN                  C  20341.669593  20341.669593  3198.367711  0.219475   1088.498248
103              NaN  20311.375328           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20311.993730           NaN          NaN       NaN           NaN
104              NaN  20311.364990           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  20423.362776  20423.362776  3303.728605  0.080782    827.284819
105              NaN  20311.380534           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20494.722473  20494.722473  3398.598375  0.017180   1276.424042
106              NaN  20311.371105           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20475.119125  20475.119125  3372.268393  0.006893   1334.147484
107              NaN  20311.386946           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20475.104315  20475.104315  3372.248578  0.015791   1509.758271
108              NaN  20311.388179           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20311.993730           NaN          NaN       NaN           NaN
109              NaN  20311.379350           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20403.581809  20403.581809  3277.902609  0.026346   7760.289485
110              NaN  20311.388107           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20398.448822  20398.448822  3271.234046  0.045878    399.106645
111              NaN  20311.393771           NaN          NaN       NaN          NaN                  R  20387.378520  20387.378520  3256.898112  0.055400    383.881612
112              NaN  20311.391436           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20382.930171  20382.930171  3251.155254  0.059489    469.537991
113              NaN  20311.400613           NaN          NaN       NaN          NaN                  C  20321.461685  20321.461685  3172.827868  0.139693   1563.747489
114              NaN  20311.391456           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20311.993730           NaN          NaN       NaN           NaN
115              NaN  20311.400601           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20395.601303  20395.601303  3267.540519  0.027046   1480.449121
116              NaN  20311.391407           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  20324.690346  20324.690346  3176.894693  0.110741   1272.542810
117              NaN  20311.400606           NaN          NaN       NaN          NaN                  M  20331.438511  20331.438511  3185.411528  0.091865    948.190244
118              NaN  20311.391418           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20477.333497  20477.333497  3375.232349  0.011429   1613.863556
119              NaN  20311.393735           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20458.844508  20458.844508  3350.564390  0.032449    707.873370
120              NaN  20311.378002           NaN          NaN       NaN          NaN                  R  20375.067701  20375.067701  3241.029492  0.055671    625.533271
121              NaN  20311.387430           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20345.504191  20345.504191  3203.237239  0.072565    683.874916
122              NaN  20311.378783           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20366.738414  20366.738414  3230.336932  0.058488    631.228948
123              NaN  20311.389114           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20410.084250  20410.084250  3286.369832  0.041649    635.131687
124              NaN  20311.389134           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20311.993730           NaN          NaN       NaN           NaN
125              NaN  20311.368438           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20469.896871  20469.896871  3365.288664  0.029464    755.607469
126              NaN  20311.368411           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20470.050828  20470.050828  3365.494226  0.018590   1115.061024
127              NaN  20302.769147           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  20286.626605  20286.626605  3129.279295  0.091383   1712.366378
128              NaN  20302.753383           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20291.736157  20291.736157  3135.629324  0.026302   1421.033987
129              NaN  20302.769147           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20291.751275  20291.751275  3135.648131  0.029511   1356.854865
130              NaN  20302.773392           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20302.785895           NaN          NaN       NaN           NaN
131              NaN  20302.792002           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20350.789419  20350.789419  3209.961066  0.005368   1202.714969
132              NaN  20302.307324           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  20249.763774  20249.763774  3083.846513  0.108947   1564.614763
133              NaN  20302.308925           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20251.776313  20251.776313  3086.309820  0.058461   1319.070442
134              NaN  20302.306841           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20302.315573           NaN          NaN       NaN           NaN
135              NaN  20302.325301           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20302.313504           NaN          NaN       NaN           NaN
136              NaN  20302.302168           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  20302.313769           NaN          NaN       NaN           NaN
137              NaN  20302.302472           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20302.302499           NaN          NaN       NaN           NaN
138              NaN  20298.621363           NaN          NaN       NaN          NaN                  M  20205.920795  20205.920795  3030.668832  0.055561   3681.554931
139              NaN  20298.614467           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  20152.035162  20152.035162  2966.564754  0.201395    640.050954
140              NaN  20298.607570           NaN          NaN       NaN          NaN                  Y  19965.992750  19965.992750  2755.485867  0.061107   2145.990005
141              NaN  20298.600673           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  19985.734898  19985.734898  2777.153066  0.015948    663.145350
142              NaN  20298.593776           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19809.405863  19809.405863  2589.511328  0.041026    884.686903
143              NaN  20298.593775           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19814.657775  19814.657775  2594.912599  0.105235    646.180649
144              NaN  20298.593773           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19814.667433  19814.667433  2594.922543  0.105234    646.182812
145              NaN  20298.593768           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19803.017933  19803.017933  2582.956882  0.092080    737.198815
146              NaN  20298.593759           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19787.607003  19787.607003  2567.212441  0.054553   1988.170600
147              NaN  20298.593741           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19787.615474  19787.615474  2567.221069  0.067139   1314.702150
148              NaN  20298.593705           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19790.561957  19790.561957  2570.223889  0.038603    825.050421
149              NaN  20298.593633           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  19790.556259  19790.556259  2570.218078  0.073504   1036.620898
150              NaN  20298.593489           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19790.570955  19790.570955  2570.233065  0.071856   1090.107471
151              NaN  20298.592340           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19828.050475  19828.050475  2608.737228  0.031646    702.679439
152              NaN  20298.591333           NaN          NaN       NaN          NaN                  H  19867.912051  19867.912051  2650.321748  0.039127    955.606112
153              NaN  20298.582209           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19883.532199  19883.532199  2666.797240  0.100600    715.393534
154              NaN  20298.591438           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19898.004353  19898.004353  2682.153264  0.111669    656.236657
155              NaN  20298.581106           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20277.522315  20277.522315  3117.996556  0.000504   1451.772930