PyHDX v0.4.0b2+49.g05bd115.dirty 
2021/09/06 11:35:26 (1630920926) 

Metadata
--------
r1: 1
r2: 1
r2_reference: false
epochs: 1000
patience: 50
stop_loss: 1.0e-05
optimizer: SGD
lr: 10000.0
momentum: 0.5
nesterov: true
model_name: DeltaGFit
total_loss: 3.8034624995132194
mse_loss: 3.3272614515083805
reg_loss: 0.47620104800483887
regularization_percentage: 12.520198321024193
epochs_run: 1000

         SecB WT apo                                                                 SecB his dimer apo                                                                 
            sequence       _deltaG        deltaG        pfact     k_obs   covariance           sequence       _deltaG        deltaG        pfact     k_obs    covariance
r_number                                                                                                                                                                
10                 T  19775.160803  19775.160803  2554.566970  0.064411  1395.024564                  T  19775.160951  19775.160951  2554.567120  0.064411   1670.825562
11                 F  19331.435038  19331.435038  2142.210098  0.063883  1392.258570                  F  19331.442554  19331.442554  2142.216486  0.063883   1667.543582
12                 Q  20650.747135  20650.747135  3615.624705   0.05472   768.732249                  Q  20650.739497  20650.739497  3615.613747  0.054720   1033.838948
13                 I  16903.682229  16903.682229   817.623273  0.054121   766.751695                  I  16903.667282  16903.667282   817.618425  0.054121   1033.242006
14                 Q  18980.896185  18980.896185  1864.074244  0.054419   767.552214                  Q  18980.895621  18980.895621  1864.073827  0.054419   1033.326894
15                 R  21579.563533  21579.563533  5226.621995   0.05472   768.658251                  R  21579.554734  21579.554734  5226.603749  0.054720   1033.760451
16                 I  17019.899968  17019.899968   856.205270  0.054121   766.703510                  I  17019.884264  17019.884264   856.199936  0.054121   1033.191337
17                 Y  17064.099505  17064.099505   871.351945   0.05442   768.083207                  Y  17064.079894  17064.079894   871.345165  0.054420   1033.889949
18                 T  19414.645221           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  19414.645221           NaN          NaN       NaN           NaN
19                 K  21918.379778  21918.379778  5978.608413  0.036289   875.728548                  K  21918.363910  21918.363910  5978.570774  0.036289    769.119586
20                 D  22253.382667  22253.382667  6828.449056  0.036492   872.276672                  D  22253.380943  22253.380943  6828.444385  0.036492    767.372474
21                 I  15718.718290  15718.718290   510.952511  0.036095   879.544018                  I  15718.704944  15718.704944   510.949805  0.036095    771.610872
22                 S  21436.592595  21436.592595  4938.405942  0.041954   573.838347                  S  21436.587066  21436.587066  4938.395108  0.041954    473.325853
23                 F  20986.538815  20986.538815  4130.867082  0.041716   574.981412                  F  20986.539154  20986.539154  4130.867638  0.041716    473.965279
24                 E  20348.823965  20348.823965  3207.458983  0.041717   575.001767                  E  20348.823887  20348.823887  3207.458885  0.041717    473.988435
25                 A  19225.369484  19225.369484  2053.934837  0.051756   515.755171                  A  19165.365451  19165.365451  2005.616034  0.053002    431.239895
26                 P  20236.414306           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20236.414306           NaN          NaN       NaN           NaN
27                 N  21531.504479  21531.504479  5127.909809   0.05205   515.636692                  N  21471.254698  21471.254698  5006.787586  0.053309    431.366249
28                 A  21923.448661  21923.448661  5990.643724  0.052348   515.640675                  A  21862.974434  21862.974434  5848.622734  0.053619    431.619776
29                 P  20145.970132           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  20145.970132           NaN          NaN       NaN           NaN
30                 H  18623.723940  18623.723940  1617.787208  0.052053   515.798356                  H  18563.507472  18563.507472  1579.595638  0.053311    431.539116
31                 V  17145.812631  17145.812631   900.063214   0.05176   515.992613                  V  17085.857521  17085.857521   878.906292  0.053004    431.494196
32                 F  17873.357583  17873.357583  1201.243657  0.052054   515.880244                  F  17813.157979  17813.157979  1172.893399  0.053312    431.626681
33                 Q  20343.847325  20343.847325  3201.132288  0.061803   681.018001                  Q  20289.640037  20289.640037  3133.022758  0.063146    540.224023
34                 K   9385.485061   9385.485061    41.413904  0.081085  1125.897982                  K  19777.794068  19777.794068  2557.237189  0.084822    808.164351
35               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19777.797399  19777.797399  2557.240569  0.097418   1339.765466
36               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  W  19918.047357  19918.047357  2703.566512  0.014275    670.807836
37               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19821.814761  19821.814761  2602.291266  0.051396    632.010434
38               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  19862.218314           NaN          NaN       NaN           NaN
39               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19862.169724  19862.169724  2644.290597  0.025359    440.757929
40               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  19960.727432  19960.727432  2749.735739  0.007715    649.637735
41               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  K  19816.405862  19816.405862  2596.712899  0.038182    501.960159
42               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  19834.121564  19834.121564  2615.028352  0.019898    868.137126
43               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19890.729827  19890.729827  2674.423433  0.043570    687.015709
44               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20064.951920  20064.951920  2865.821513  0.009105    750.584418
45               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19955.244509  19955.244509  2743.760723  0.042469    656.520415
46               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20010.096381  20010.096381  2804.125009  0.030111    710.961616
47               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19902.025280  19902.025280  2686.435440  0.088534    754.471964
48               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  19869.781227  19869.781227  2652.287904  0.132637   1251.641636
49               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  19869.784070  19869.784070  2652.290896  0.264646   1634.922742
50               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19869.791697  19869.791697  2652.298922  0.129617   1199.020688
51               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20075.621999  20075.621999  2877.979022  0.021738    979.024622
52               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19950.979823  19950.979823  2739.122259  0.033782    922.678956
53               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19898.473903  19898.473903  2682.652969  0.070445    906.841186
54               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19924.027151  19924.027151  2709.988163  0.046098    830.448495
55               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  19980.909681  19980.909681  2771.841662  0.007141   1025.792075
56               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Y  19950.719888  19950.719888  2738.839796  0.021317   1683.938303
57               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19894.986216  19894.986216  2678.943517  0.048807   1409.884024
58               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19878.493716           NaN          NaN       NaN           NaN
59               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19878.498084           NaN          NaN       NaN           NaN
60               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19878.498084           NaN          NaN       NaN           NaN
61               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  R  19878.493716           NaN          NaN       NaN           NaN
62               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20073.512523  20073.512523  2875.571397  0.017281   7634.271520
63               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20093.685942  20093.685942  2898.678795  0.031923    975.370713
64               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20113.438615  20113.438615  2921.484161  0.016244   4719.107475
65               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20115.873294  20115.873294  2924.307501  0.031643    896.603044
66               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19978.997127  19978.997127  2769.739213  0.085872    722.747840
67               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  19928.962211  19928.962211  2715.299372  0.129560    940.459347
68               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20157.664973  20157.664973  2973.198227  0.026490    955.615858
69               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20069.579224  20069.579224  2871.087553  0.030078    772.225785
70               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19980.921573  19980.921573  2771.854740  0.062184    648.308509
71               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  20062.275877  20062.275877  2862.780489  0.028839    797.047066
72               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  20062.263896  20062.263896  2862.766881  0.031610    745.704168
73               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19933.165172  19933.165172  2719.830887  0.087448    763.386354
74               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20055.543089  20055.543089  2855.143690  0.030246    769.101719
75               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20016.997089  20016.997089  2811.812665  0.016118   1772.980588
76               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  C  19920.741070  19920.741070  2706.457383  0.142524   1445.245020
77               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19927.462658  19927.462658  2713.684423  0.152365   1112.389198
78               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20065.789982  20065.789982  2866.774541  0.007400   1504.416603
79               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20073.786081  20073.786081  2875.883506  0.043404    817.867933
80               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19998.367973  19998.367973  2791.107298  0.097840    811.967484
81               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20010.066088  20010.066088  2804.091309  0.079159    760.301778
82               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  20019.336391  20019.336391  2814.423518  0.073605    748.991754
83               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20118.352548  20118.352548  2927.185336  0.014121   1792.388362
84               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20118.346339  20118.346339  2927.178125  0.017372   1632.435836
85               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  19875.052797           NaN          NaN       NaN           NaN
86               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  19845.534590  19845.534590  2626.896121  0.021225   1496.976661
87               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19844.801932  19844.801932  2626.132655  0.033649   2969.329938
88               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19844.800508  19844.800508  2626.131172  0.053330  13094.250812
89               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  19844.800971  19844.800971  2626.131654  0.015739    960.723410
90               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19844.790112  19844.790112  2626.120340  0.026129   1941.569479
91               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19844.794985  19844.794985  2626.125417  0.037781   4093.433562
92               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  19844.790161  19844.790161  2626.120391  0.071940   3324.357730
93               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19844.813168  19844.813168  2626.144362  0.103984   2256.329944
94               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19875.032107           NaN          NaN       NaN           NaN
95               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19875.039003           NaN          NaN       NaN           NaN
96               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19875.045900           NaN          NaN       NaN           NaN
97               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19875.059693           NaN          NaN       NaN           NaN
98               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19875.066590           NaN          NaN       NaN           NaN
99               NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19875.073486           NaN          NaN       NaN           NaN
100              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19997.094219  19997.094219  2789.697162  0.079568    769.831540
101              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Y  20060.693333  20060.693333  2860.983622  0.028170   2251.052308
102              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  C  19914.910574  19914.910574  2700.204033  0.259951   1012.895848
103              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  19888.825210           NaN          NaN       NaN           NaN
104              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  20001.203094  20001.203094  2794.248534  0.095506    776.543333
105              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  20102.924917  20102.924917  2909.323369  0.020068   1648.181210
106              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20077.409442  20077.409442  2880.020676  0.008071   1222.468355
107              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20077.404558  20077.404558  2880.015094  0.018489   1440.729918
108              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  19888.825210           NaN          NaN       NaN           NaN
109              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19993.858551  19993.858551  2786.118255  0.030995   1325.374678
110              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19980.116787  19980.116787  2770.969849  0.054158    948.165794
111              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  R  19967.138763  19967.138763  2756.738993  0.065448    938.540989
112              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19962.169363  19962.169363  2751.309244  0.070292    944.476519
113              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  C  19898.003527  19898.003527  2682.152385  0.165239   1652.235328
114              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  I  19888.825210           NaN          NaN       NaN           NaN
115              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19985.562071  19985.562071  2776.962649  0.031822   1205.543126
116              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  S  19906.310865  19906.310865  2691.006995  0.130729   1378.148244
117              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  M  19913.426411  19913.426411  2698.614540  0.108430   1008.778534
118              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  20078.727743  20078.727743  2881.527393  0.013387   4884.135386
119              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  20066.717920  20066.717920  2867.830144  0.037909    766.692593
120              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  R  19969.727359  19969.727359  2759.571632  0.065381    706.807825
121              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19939.046453  19939.046453  2726.184618  0.085258    800.478136
122              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  19960.928696  19960.928696  2749.955314  0.068701    717.829144
123              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  20010.310252  20010.310252  2804.362954  0.048805    694.582379
124              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  19888.825210           NaN          NaN       NaN           NaN
125              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  20081.022580  20081.022580  2884.152099  0.034378    824.509687
126              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  20087.427733  20087.427733  2891.490608  0.021636   1516.941545
127              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  19860.667146  19860.667146  2642.714711  0.108202   2286.510791
128              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  19871.931506  19871.931506  2654.551553  0.031067   1710.666677
129              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19871.940719  19871.940719  2654.561256  0.034857   1598.496081
130              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  P  19875.066590           NaN          NaN       NaN           NaN
131              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  V  19931.106031  19931.106031  2717.609835  0.006340   1349.336201
132              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  19829.320635  19829.320635  2610.052168  0.128716   1892.734590
133              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  19829.336479  19829.336479  2610.068575  0.069124   1623.752304
134              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19871.611877           NaN          NaN       NaN           NaN
135              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19871.607509           NaN          NaN       NaN           NaN
136              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  X  19871.607509           NaN          NaN       NaN           NaN
137              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  F  19871.611877           NaN          NaN       NaN           NaN
138              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  M  19780.771700  19780.771700  2560.259971  0.065765   2510.574125
139              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  N  19754.966693  19754.966693  2534.181925  0.235744    656.127930
140              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Y  19567.343713  19567.343713  2352.392619  0.071574   1278.143549
141              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  L  19567.347043  19567.347043  2352.395726  0.018826    850.173472
142              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19422.379618  19422.379618  2220.915709  0.047832   1811.895819
143              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19446.864582  19446.864582  2242.595291  0.121760    610.748153
144              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19446.864582  19446.864582  2242.595291  0.121760    610.748153
145              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19433.802995  19433.802995  2231.004040  0.106599    675.602670
146              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19409.834267  19409.834267  2209.889079  0.063370   1558.971307
147              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19409.840938  19409.840938  2209.894928  0.077990    900.010764
148              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  G  19410.350657  19410.350657  2210.341874  0.044885   1534.780458
149              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  T  19411.674482  19411.674482  2211.503088  0.085421    826.115440
150              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19411.678758  19411.678758  2211.506840  0.083506    844.567062
151              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  E  19430.173164  19430.173164  2227.793469  0.037055   1138.564342
152              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  H  19471.306940  19471.306940  2264.448223  0.045792   1873.426516
153              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  Q  19506.704833  19506.704833  2296.474112  0.116815    668.379849
154              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  D  19522.678752  19522.678752  2311.074290  0.129592    624.476589
155              NaN           NaN           NaN          NaN       NaN          NaN                  A  19837.575947  19837.575947  2618.614703  0.000600   1501.720737